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日本鼓虾线粒体基因组: 真虾下目内部的基因重排与系统发育

欣 申、启华 徐、忠利 沙、晓 李、斌伦 阎

2012Scientia Sinica VitaeBiochemistry, Genetics and Molecular Biology被引 1开放获取

摘要

在日本鼓虾线粒体基因组完成的基础上, 结合现有线粒体基因组数据, 全面揭示了真虾类线粒体基因组的基本特征. 日本鼓虾线粒体基因组全长16487 bp, 包含37个基因, 与后生动物线粒体基因组的标准基因组成一致. 4个已完成的真虾类(罗氏沼虾、日本沼虾、沼虾<italic>Macrobrachium lanchesteri</italic>和夏威夷红虾)线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物的原始排列完全相同, 过去曾经认为在真虾下目线粒体基因组中没有基因重排现象. 然而, 鼓虾线粒体基因组中存在1个转运RNA基因(<italic>trnE</italic>)的易位和反转, 这种基因排列方式在其它甲壳动物线粒体基因组中未见报道. 同时, 脊尾白虾线粒体基因组中存在1个转运RNA基因(<italic>trnP</italic>或<italic>trnT</italic>)的易位. 分别统计了2种鼓虾(日本鼓虾和鲜明鼓虾)和3种沼虾(罗氏沼虾、日本沼虾和沼虾<italic>M. lanchesteri</italic>)13个蛋白质编码基因(PCGs)非同义替换与同义替换的比值(<italic>Ka</italic>/<italic>Ks</italic>), 发现鼓虾和沼虾所有线粒体蛋白质编码基因的<italic>Ka</italic>/<italic>Ks</italic>均小于1, 显示出强烈的纯化选择. 基于线粒体基因组的系统发育分析结果, 强烈支持长臂虾科和鼓虾科为单系群, 并且其在科级的亲缘关系为: (长臂虾科+鼓虾科)+匙指虾科(BPM=100, BPP=100).

引用本文（GB/T 7714）

DOI：https://doi.org/10.1360/zc2012-42-7-595