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从真菌全基因组中筛选丛赤壳科的DNA条形码

Peng Zhao、知和 余、文颖 庄、晶 罗、昭清 曾

2012Scientia Sinica VitaeBiochemistry, Genetics and Molecular Biology被引 1开放获取

摘要

将粗糙脉孢菌(<italic>Neurospora crassa</italic>)的注释基因分别与30 种丝状子囊菌基因组比较, 根据<italic>E</italic>值大小预测同源序列, 从中选择<italic>Hsp90, AAC, CDC48</italic>和<italic>EF3</italic>作为候选基因, 以丛赤壳科(Nectriaceae)13 个属34 个概念清晰的种为材料, 对215个序列片段采用不同方法进行分析, 筛选适合于该科的DNA 条形码. 将种内与种间序列差异以及序列获得的难易程度作为评价指标. 结果表明,<italic>Hsp</italic>90 和<italic>AAC</italic>基因虽然具有较高的 PCR 扩增与测序成功率, 但种内、种间距离频率分布存在重叠, 可能导致部分种的鉴定错误;<italic>CDC48</italic>基因可以恰当地区分种内与种间差异, 但扩增与测序成功率相对较低; <italic>EF3</italic>基因不存在种内、种间遗传距离重叠, 序列容易获得, 适合作为该科真菌的DNA 条形码.

引用本文（GB/T 7714）

DOI：https://doi.org/10.1360/zc2012-42-1-55