利用转录组数据鉴定和分析小鼠非编码RNA
摘要
基因转录表达是一个复杂、精确并具有时空特异性的过程. 目前对转录组的研究主要集中在蛋白编码基因上. 近几年, 一个新的转录组研究工具—大规模并行cDNA测序技术(RNA-seq)为更深入地研究转录组带来了希望. 利用RNA-seq数据, 鉴定出大量的非编码RNA, 特别是lincRNA, 并且发现这些非编码RNA是多个生物学过程中重要的调控因子. 利用深度测序获得的15个小鼠组织RNA-seq数据探索非编码RNA在小鼠不同组织中的多样性和动态变化. 依据自定的标准, 在这15个组织中共鉴定出16249个非编码基因(对应21569个非编码RNA). 研究这些非编码RNA的多种特征, 可以发现与蛋白编码基因相比, 非编码RNA通常比较短, 外显子个数少, 表达量低, 组织特异性强. 而且, 这些非编码RNA有明显的转录起始和转录延伸信号(H3K4me3, H3K27me3, H3K36me3修饰, RNAPⅡ结合位点以及CAGE)的富集. 基因集富集分析结果表明, lincRNA与多个生物学过程相关, 如免疫反应、肌肉发育和有性生殖等. 本研究提供了更加全面的对小鼠非编码RNA的注释信息, 为小鼠非编码RNA的功能和进化研究奠定了基础.
引用本文（GB/T 7714）
守成 刘, 瀞瑶 曾, AwadAljohi HASAN, 等. 利用转录组数据鉴定和分析小鼠非编码RNA[J]. Scientia Sinica Vitae, 2015.
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