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RiceDB： A Web-Based Integrated Database for Annotating Rice Microarray

He、Shi Shi、Qing-yun、Chen Chen、Ming Ming、Wu、Ping Ping

2007Acta Scientiarum Naturalium Universitatis SunyatseniBiochemistry, Genetics and Molecular Biology被引 1

摘要

RiceDB，在各种各样的生物上下文注解米饭 microarray 的一个基于万维网的综合数据库被开发。它由八个模块组成。Affymetrix 探查的进程设置关于米饭印射到不同数据库的 RiceMap 模块档案，和到 microarray 代表的基因的目的由经由标识符或每个数据库的就职数字检索注解信息设定；RiceGO 模块显示在一个 microarray 集合和基因本体论之间的协会(去) 范畴；RiceKO 模块被用来基于 KEGG 生物化学的小径注解一个 microarray 集合；RiceDO 模块显示与一个 microarray 集合联系的领域的信息；RiceUP 模块被用来为一个 microarray 集合代表的所有基因获得倡导者序列；调整了基因的 RiceMR 模块表潜力 microRNA 由一个 microarray 集合代表了；RiceCD 和 RiceGF 被用来注解一个 microarray 集合在染色体分发和米饭 paralogous 家庭分发的上下文代表的基因。自动注解的结果与用手的注解主要一致。microarray 数据的生物解释被 RiceDB 的帮助加快。

引用本文（GB/T 7714）