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The Prediction of Rice Gene by Fgenesh

ZhangShengliLiDong-fangGai-shengWangJunweiNiu

2008Acta Scientiarum Naturalium Universitatis SunyatseniAgricultural and Biological Sciences被引 2

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摘要

这研究被执行了为染色体注解给一些科学原因,弄短注解预定,并且改善基因预言的结果。拿第 6 染色体的顺序,它比其它有更多的长度序列, Oryza sativa L。ssp。装饰用的梨树 cv。是的 Nipponbare 在这研究的分析数据,单音的简易窄床模块的基因预言,米饭,被使用 Fgenesh ver 做了。2.0,并且预言的结果特别地被生物信息学方法探索了。结果证明为这个染色体的预言的基因的数字很近是注解基因到 TIGR 的数字。预言的基因的多数是有 77.52 的一个百分比的 multi-exon 基因。长度范围在预言的基因很大。根据重要火柴数字, multi-exon 基因能被预言更多的诚实能被 cDNA 被 TIGR 注解并且直到 78% 比基因和支持上的单个前到达直到 100% 。从 multi-exon 基因的预言的前 ons 地点的角度,内部前 ons 和最后一前 ons 有 cDNA 的高支持。内部前 ons 的长度在高度是相对短的(>95% 长度, >78% 类似) cDNA 或 TIGR 注解支持 multi-exon 基因,而是第一前 ons 和最后一前 ons 在颠倒上。在长度有超过 95% 的基因上的单个前的多数,并且 78% 在长度在由 cDNA 或 TIGR 注解的类似支持是相对短的。从数字上的前的角度,高度的 multi-exon 基因的多数(>95% 长度, >78% 类似) cDNA 或 TIGR 注解支持仅仅穿上 5 前数字。由 Fgenesh 的米饭基因预言根据在与米饭的 cDNA 数据库排列基因的预言的顺序以后的 cDNA 支持手工地是很好却需要的修正到某程度,这被结束。

引用本文(GB/T 7714)

Zhang, Shengli, Li, 等. The Prediction of Rice Gene by Fgenesh[J]. Acta Scientiarum Naturalium Universitatis Sunyatseni, 2008.

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