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Computational Prediction of Rice (Oryza sativa) miRNA Targets

Sunil Kumar、Archak、Nagaraju

2007Acta Scientiarum Naturalium Universitatis SunyatseniBiochemistry, Genetics and Molecular Biology被引 43

摘要

生物信息的途径补充了试验性的努力到 inventorize 植物 miRNA 目标。我们执行了产生通常认为的 miRNA 的一张全面的表的 transcriptome 指向的米饭(Oryza sativa ) 的全球计算分析。我们的预言(684 个唯一的抄本) 证明米饭 miRNAs 调停包括抄写(41%) 的多样的功能的规定，催化作用(28%) ，绑定(18%) ，和 transporter 活动(11%) 。在预言的目标之中， 61.7% 点击在编码区域，将近 72% 目标让独居的 miRNA 撞击。学习预言了通常认为地调整象压力反应，催化作用，和绑定一样的函数的 34 miRNAs 的超过 70 个新奇目标。非常，目标的一半(55%) 在 O 之间被保存，这被观察。sativa indica 和 O。sativa 装饰用的梨树。31 个 miRNA 家庭的成员被发现拥有在米饭之间并且至少的保存目标另外的草家庭成员之一。大约 44% 唯一的目标在二个不一样的 miRNA 预言算法之间是普通的。跨种类的保存和算法的一致的如此的程度在在这研究预言的米饭 miRNA 目标的表授与信心。

引用本文（GB/T 7714）