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Single Nucleotide Polymorphism Identification in Polyploids： A Review, Example, and Recommendations

Josh、Clevenger、Chavarro、Stephanie Stephanie、pearl、Peggy、Ozias-Akins、Scott

2015分子植物：英文版Agricultural and Biological Sciences被引 2

摘要

理解在遗传型和显型之间的关系是能基于分子的遗传型预言显型的主要生物 questionand 对分子的繁殖不可分。整个染色体的复制塑造了所有 flowering 植物和 presentchallenges 的历史到阐明在遗传型和显型之间的关系，特别在 neopolyploid 种类。尽管单个核苷酸多型性(SNP ) 为基因印射成为了流行工具，在多倍体的 SNP 的发现和申请是困难的。这里，我们总结普通试验性的途径到 SNP 打电话，加亮最近的多倍体成功。为了在这些上检验软件选择的影响，分析，我们用不同排列程序(BWA-mem 和 Bowtie 2 ) 和变体调用者(SAMtools， GATK，和 Freebayes ) 在五花生遗传型之中叫了 SNP。Bowtie 2 和 BWA-mem 生产并且在 SAMtools 分析了的排列分享了 24.5% 一致 SNP，并且 SAMtools， GATK，和 Freebayes 分享了 1.4% 一致 SNP。模仿的 Brassica 马来麝染色体 1A 和 1C 遗传型的随后的分析证明三个软件程序， SAMtools 在 Bowtie 2 排列上与最高的敏感和特性表现了。然而，这些结果是可能的在种类之中变化，并且我们因此为召集多倍体的 SNP 建议一系列最好的惯例。

引用本文（GB/T 7714）