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Inference of Global HIV-1 Sequence Patterns and Preliminary Feature Analysis

Yan、Wang、R. Reda、Rawi、Daniel、M. Hoffmann、Binlian、Sun

2013Acta Scientiarum Naturalium Universitatis SunyatseniImmunology and Microbiology被引 1

摘要

HIV-1 的传染病学在世界的不同区域变化，并且这复杂性可以在病毒的染色体离开唯一的脚印，是可能的。因此，我们试图在全球 HIV-1 染色体序列发现重要模式。由使用规则推理算法 RIPPER (生产错误减小的重复增长修剪) 到从编的数据集的四个类的 Env 序列的多重顺序排列，我们产生了签名模式的四个集合。我们发现这些模式能与 91.2% 精确性从非南部的非洲的序列与 97.5% 精确性，从有 98.3% 精确性的非中国的序列的汉语，从有 88.4% 精确性的非非洲的序列的非洲人，和南部的非洲人把东南的亚洲人与 nonsoutheastern 亚洲人序列区分开来。这些模式与子类型并且与氨基酸位置显示出不同协会。另外，一些签名模式样品从被拿的地理区域是特征的。相应于 HIV-1 序列的种系发生的聚类的氨基酸特征与一些推出的模式一致。用从子类型 B ， C ，和与世界范围的 CRF01_AE 妄想的所有子类型推断的模式的联合，我们发现子类型 C 的签名模式在一些取样的国家是极其普通的(例如，在南部的非洲的赞比亚)，它可以在这种 HIV-1 子类型和需要的起源提示对非洲的这个区域给予特殊注意。子类型 B 序列的签名模式与不同国家被联系。甚至更，在与 glycine，白氨酸和相应于子类型 C， B 和所有可能的再结合的异白氨酸的位置 21 形成的单身者有不同模式与 CRF01_AE 妄想，它也显示不同地理特征。我们的方法拓宽签名的推理的范围从地理，基因，并且 genomic 观点。这些调查结果可以为流行病学的研究或疫苗的设计提供一本珍贵参考书。

引用本文（GB/T 7714）