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KaKs_Calculator 2.0： A Toolkit Incorporating Gamma-Series Methods and Sliding Window Strategies

Dapeng Dapeng、Wang、Yubin Yubin、Chang Zhang、Jiang、Zhu、Jun、Fujun Yu

2010Acta Scientiarum Naturalium Universitatis SunyatseniBiochemistry, Genetics and Molecular Biology被引 8

摘要

我们在场一个综合独立软件包裹作为一个更新的版本说出 KaKs_Calculator 2.0。它为 nonsynonymous 和同义的替换率的计算合并 17 个方法；在他们之中，我们补充说我们几的修改版本广泛地包括被表明了比他们的原来的形式在某些条件下面更好表现并且没在以前的版本被实现的 -NG,-LWL,-MLWL,-LPB,-MLPB,-YN 和 -MYN, 把方法用作 gamma 系列。包裹乐意地越过对 5' 的兴趣的序列基于一个滑动窗口为断然选择的地点的鉴定被使用到编码蛋白质的序列的 3' 方向，并且为进化研究在顺序分析上改进了全面性能。和一条用户指令的 Windows 和 Linux 平台上的一个工具箱，包括的 C++ 和 Java 源代码和可执行的文件，从为在 https://sourceforge.net/projects/kakscalculator2/ 的学术目的网站是可下载的。

引用本文（GB/T 7714）