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A Comprehensive Transcriptome Assembly of Pigeonpea （Cajanus cajan L.） using Sanger and Second-Generation Sequencing Platforms

Himabindu、Kudapa、Arvind Arvind、Bharti、Steven Steven、Cannon、Andrew andrew、Farmer

2012分子植物：英文版Agricultural and Biological Sciences被引 2

摘要

为 pigeonpea 的一个全面 transcriptome 集会被分析 IIx 单个结束读的 1.289 亿短 Illumina GA 开发了，结束 FLX/454 读的 219 万个单身者，和表示的 18353 Sanger 从超过 16 遗传型定序标签。结果的 transcriptome 集会，把 v2 叫作 CcTA，与 1510bp 的 N50 包括了 21434 抄本集会 contigs (TAC ) ，最大的 8kb。21434 TAC，(77.5%) 16622 能被印射在上在相当紧的排列参数下面造 1.0.9 到大豆染色体。基于 intron 连接的知识， 10009 教材对为放大跨越区域(ISR ) 的 intron 从 5033 TAC 被设计。由在作为一本参考书在大豆染色体上 pigeonpea 的 BAC-end-derived SSR loci 印射的 silico 使用，在染色体水平的通常认为的印射位置为 6284 个 ISR 标记被预言，盖住所有 11 个 pigeonpea 染色体。128 个 ISR 标记的一个子集在一套八遗传型上被分析。当 116 个标记被验证时， 70 个标记显示出一～三等位基因，与 0.16 多型性信息内容(照片) 的一般水准价值。在摘要， CcTA v2 抄本汇编和 ISR 标记将用作一个有用资源在 pigeonpea 加速基因研究和繁殖应用程序。

引用本文（GB/T 7714）