Genotyping of the Chinese isolates of coltivirus
摘要
目的对我国分离的Colti病毒进行基因分型.方法采用针对Colti 病毒B2亚组第9和12片段和B1亚组第12片段的3对引物,对我国近年来分离的Colti病毒利用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法进行基因分型.同时对北京分离株BJ95-75和云南分离株YN-6的 PCR产物进行了克隆测序及同源性分析.结果 Colti病毒北京分离株BJ95-75、云南分离株YN-6、-67-1、-68-1、-69、-70-1、-70-2、-90、-92-2、-93病毒用B2亚组特异引物12-854-S/12-B2-R均能得到相对分子质量为850 bp的特异条带,用针对于第9片段的B2亚组引物9-JKT-S/9-JKT-R均得到了相对分子质量为492 bp的特异条带.而Colti病毒东北分离株NE97-12、NE97-31及对照病毒如环状病毒YN-99、乙脑病毒YN-151-1未能扩出特异条带.所有Colti病毒分离株及病毒对照用B1亚组特异引物12-B1-S/12-B1-R均未见特异条带.BJ95-75、YN-6这2株病毒第12片段核苷酸序列与B2亚组其他毒株间的同源性达到89.4%以上,特别是与中国早期分离株Banna病毒,其同源性达到98.9%以上;2株病毒第9片段的核苷酸序列与属于B2a型的Banna病毒的同源性可达到99.2%和96.5%,和JKT6423病毒的同源性也能达到84.0%,而与属于B2b型的JKT6969和JKT7043相应片段核苷酸序列的同源性只有53.0%左右.结论首次对我国分离的Colti病毒从分子水平上进行了研究,证实了PCR方法对Colti病毒进行基因分型的可行性,北京和云南分离株主要为B2亚组的 B2a型.吉林分离株NE97-12、NE97-31的正确分型还要依赖于将它们基因组的特定片段进行全序列分析的完成.