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基于转录组测序在人类全基因组内鉴定与癌症相关的polyadenylation和non-polyadenylation RNA

德超 卜、飞 焦、国光 赵、屹 赵、奇 廖、鲲涛 余、海涛 罗、亮 孙

2013Scientia Sinica VitaeChemistry被引 1开放获取

摘要

真核生物的mRNA包括2种形式的转录本, 根据它们3'端是否存在poly(A)尾巴, 可以分为带poly(A)的mRNA(简写成poly(A)+mRNA)和不带poly(A)的mRNA(简写成poly(A)-mRNA). Poly(A)+ mRNA的主要功能是促进蛋白质的编码, 但是对poly(A)- mRNA的功能却知之甚少. 而已有的研究表明, poly(A)-mRNA和双态(bimorphic)的mRNA(即包含poly(A)+mRNA又包含poly(A)-mRNA)也是基因转录的一个重要部分. 本研究通过建立一个综合性的数据分析流程, 首先从不同细胞系中鉴定出这些不同形式的mRNA, 然后比较这些poly(A)+及poly(A)-mRNA在正常细胞系和对应的癌症细胞系中的表达差异, 从而确定这些RNA转录物的潜在功能. 通过生物信息学的分析表明, 在正常和肿瘤细胞系中确实存在差异表达的poly(A)+和poly(A)-mRNA. 对差异表达的基因进行功能富集, 结果表明, 这2类mRNA都富集了包括细胞周期、细胞凋亡及细胞死亡相关的功能, 而这些功能已经被证明和癌症的发生和发展是密不可分的. 此外, 还有一类差异表达的poly(A)-mRNA富集了和翻译及翻译延长相关的功能. 因此, 本研究表明, poly(A)-mRNA也可能在癌症的发生和发展中发挥着重要的作用.

引用本文（GB/T 7714）

DOI：https://doi.org/10.1360/zc2013-43-5-376