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利用可变窗口 F ST 方法检测不同尾型呼伦贝尔羊尾部脂肪沉积相关基因

张统雨、樊红樱、朱才业、刘家鑫、邓天宇、杜立新、王立贤、赵福平

2017畜牧兽医学报Medicine被引 1

摘要

旨在挖掘控制绵羊尾型的候选基因，揭示绵羊尾部脂肪沉积机理。本研究利用呼伦贝尔羊两个不同尾型品系的288个个体，其中大尾羊142只和小尾羊146只，基于Illumina Ovine SNP 600K SNP芯片数据计算全基因组单点FST值。通过三次光滑样条估计方法确定可变窗口大小和数量，构建W统计量并进行统计检验，鉴定选择区段和注释相关基因。结果，在基因组范围内共确定了23 144个可变窗口，其中区间最大的窗口位于chr12：35 241 750~43 798 950 bp处，其大小为8.56 Mb，并包含775个SNPs。经检测发现，27个窗口达到极显著水平（P < 0.001），并鉴定了337个候选基因，其中22个是与已发现的脂肪代谢相关的基因。通过GO分析发现，这些候选基因主要富集在细胞内组成成分、有机氮化合物代谢过程以及小分子代谢过程等条目。通过可变窗口FST法能够有效检测到受选择的基因与绵羊尾部脂肪沉积相关。这些基因可以作为绵羊尾型选育的候选基因，为培育短尾绵羊提供重要依据。

引用本文（GB/T 7714）

DOI：https://doi.org/10.11843/j.issn.0366-6964.2018.07.004