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蔓花生 PEPC 基因家族的生物信息学分析

涂嘉琦、TU Jia-qi、甘璐、Lu Gan、冯兰兰、Lanlan Feng、袁良兵、Yuan Liang-bing

2018Biochemistry, Genetics and Molecular Biology被引 1

摘要

为了解花生中磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶（phosphoenolpyruvate carboxylase，PEPC）的功能，对二倍体祖先种野生蔓花生（Arachis duranensis）基因组数据库进行分析，发现存在9个AdPEPC基因家族成员，这些基因的序列长度为3 584~12 956 bp，开放阅读框（ORF）长度为702~3 168 bp，分布在3、5、7、8、9、10号染色体上。蔓花生AdPEPC家族蛋白的氨基酸序列中均含有HCO3-结合位点和PEP结合位点等保守结构域，根据序列特征可分为植物型、细菌型和序列较短的PEPC等3类，同类蛋白序列的同源性较高，基因结构中的内含子与外显子的数目也较相似。基因表达分析表明，多数成员在花或茎中的表达量较高，AdPEPC1；2和AdPEPC4；2在茎中的表达量最高，其他家族成员尤其是AdPEPC2、AdPEPC1；5和AdPEPC1；3在花中的表达量明显高于其他组织，AdPEPC1；5基因在叶中不表达。AdPEPC3在根、茎、叶和花中均不表达，推测该基因为假基因。这为深入研究AdPEPC家族基因的功能奠定了基础。

引用本文（GB/T 7714）

DOI：https://doi.org/10.11926/jtsb.3804