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基于RNA-Seq的镉、铅胁迫下间作续断菊根差异基因的转录组分析

蒲麟陇、梅馨月、湛方栋、祖艳群、李元

2018Acta Scientiarum Naturalium Universitatis SunyatseniBiochemistry, Genetics and Molecular Biology被引 2

摘要

目的 初步探索间作系统中重金属超富集植物续断菊对镉铅吸收、转运、结合的分子机制，为进一步进行超富集植物续断菊转录组差异表达基因分析及耐重金属相关基因、重金属转运相关基因挖掘奠定基础。 方法 本研究采用RNA-Seq技术对间作系统中续断菊根组织转录组进行分析。 结果 通过Illumina HiSeq TM 2000测序和 De novo 组装共得到19.23 GB的过滤后数据和65 357个续断菊根Unigenes，对差异显著的基因进行分析共得到上调的基因有52个，下调的有116个。对获得的Unigenes 进行功能注释，在Nr，Swissprot，KOG，KEGG四大数据库共注释到44 059个。 结论 间作显著提高了续断菊生物量、镉铅含量和转运系数；GO功能富集分析显示差异表达基因归类为生物学过程、细胞组分和分子功能，间作使得续断菊对与重金属镉、铅的吸收、转运和结合的相关基因表达量有显著影响，结合和吸收功能增强；KEGG Pathway富集分析表明：这些差异表达基因主要参与生物素代谢、氧化磷酸化、自噬调控等途径。

引用本文（GB/T 7714）

DOI：https://doi.org/10.12101/j.issn.1004-390x(n).201702021