含磷嘧啶类CDK9抑制剂的分子对接、3D-QSAR和分子动力学模拟
摘要
选取64个具有潜力的含磷嘧啶类细胞周期依赖性蛋白激酶（CDK9）小分子抑制剂，采用分子对接方法研究了该类小分子与CDK9的结合作用，结果表明，分子构象、氢键形成、疏水性和氨基酸残基Cys106在此类抑制剂与CDK9的结合过程中具有重要作用. 在配体叠合的基础上，运用比较分子力场分析（CoMFA）、比较分子相似性指数分析（CoMSIA）和Topomer CoMFA（T-COMFA）研究了分子结构与抑制活性的关系，发现由训练集立体场、静电场和疏水场组合的CoMSIA模型为最优模型，其内部交叉验证相关系数（ Q 2 =0.557）、非交叉验证相关系数（ R 2 =0.959）和外部预测相关系数（ r 2 =0.863）具有统计学意义，该模型的三维等值线图直观显示了化合物的活性与其三维结构的关系. 根据这些结果设计了10个具有新结构的含磷嘧啶类化合物，分子对接和分子动力学模拟结果表明，新化合物和CDK9的结合模式与原化合物64相同，自由能分析从理论上证明了新化合物64d的CDK9抑制活性优于化合物64，并且显示含磷基团与残基Asp109的静电场能在化合物与CDK9作用过程中有重要作用.
引用本文（GB/T 7714）
唐光辉, 张娅, 张玉萍, 等. 含磷嘧啶类CDK9抑制剂的分子对接、3D-QSAR和分子动力学模拟[J]. 高等学校化学学报, 2017.
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