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特有植物短丝木犀( Osmanthus serrulatus )转录组微卫星特征分析

陈林、李龙娜、杨国栋、戴亚平

2016《分子植物育种》官方网站Agricultural and Biological Sciences被引 1

摘要

利用MISA软件对短丝木犀花和叶芽转录组测序得到的92 798条独立基因(unigenes)进行SSR位点查找和分析，共搜索到11 881个SSR位点，除单碱基重复外，SSR出现频率为4.64%，分布密度为1/15.02 kb。二碱基和三碱基重复为短丝木犀SSR主要重复单元类型，分布占SSR总数的66.35%和30.42%。其中AG/CT和AAG/CTT分别为二碱基和三碱基重复单元的优势重复基元，分别占各自重复单元的63.21%、30.38%。短丝木犀SSR多为重复长度小于20 bp的短序列，长度大于20 bp的SSR仅占总数的13.47%。同时发现短丝木犀SSR的频率和长度呈显著负相关( P <0.01)，相关系数为-0.408。另外，设计筛选得到2 435对SSR引物。短丝木犀转录组SSR位点出现频率高，类型丰富、多态性潜能较高。

引用本文（GB/T 7714）

DOI：https://doi.org/10.13271/j.mpb.014.000959