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基于叶绿体DNA ndhA和nrDNA ITS序列变异分析栽培柿及其近缘种亲缘关系

傅建敏、梁晋军、乌云塔娜、梁玉琴、孙鹏、李芳东

2015Zhiwu yanjiuAgricultural and Biological Sciences被引 1

摘要

以柿属植物（Diospyros spp.）中与柿近缘的8种共30个基因型为试材,进行核糖体DNA（nr DNA）内转录间隔区（ITS）和叶绿体DNA ndh A序列变异分析,并通过软件计算两个序列及合并后的进化模型,依据进化模型采用ML法（maximum likelihood method）分析进化关系。为进一步弄清柿属植物种间亲缘关系和供试柿（Diospyros kaki Thunb.）种内分子差异提供了理论依据。结果表明：（1）ndh A序列长度变异范围在1 492~1 511,14个信息位点;ITS序列长度变异范围在660~761,56个信息位点。ITS、ndh A和ndh A＋ITS（ndh A和ITS合并）最适碱基进化模型分别为（Tr N＋I＋G）、（F81＋I）和（GTR＋I＋G）。综合ITS和ndh A序列分析表明：柿与油柿和云南野毛柿亲缘关系最近,与美洲柿和乌柿最远。（2）21份柿品种材料的ITS长度均为730,包括4个变异位点,据此4个变异位点对供试柿种内21个品种进行聚类分析。研究认为,ndh A和ITS能较清楚解释了柿与其近缘种间的亲缘关系,并通过柿品种ITS的差异位点分析鉴别出栽培柿种内的差异。

引用本文（GB/T 7714）

DOI：https://doi.org/10.7525/j.issn.1673-5102.2015.04.007