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紧密连接蛋白Claudin-15基因5′调控区序列的生物信息学分析

周雯、王青松、周代锋、王青松

2010滨州医学院学报Neuroscience被引 0

摘要

目的研究紧密连接蛋白claudin-8基因转录调控机制，并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法利用BLAST比对获得claudin-8基因5’调控区序列；利用模序识别分析TATA-box、GC—box和CAAT-box；利用在线分析软件NeuralNetworkPromoterPrediction和PROMOTER2．0分析claudin-8基因5’调控区序列中启动子；利用在线分析软件EMBOSS和CpGIslandSearcher分析claudin-8基因5’调控区序列中CpG岛位置；利用在线分析软件TFSEARCH分析claudin-8基因5’调控区序列中潜在的转录因子结合位点。结果claudin-8基因5’调控区序列中存在2个CAAT-box，无TATA-box和GC—box；claudin-8基因可能存在6个启动子位点；CpG岛为148bp（379bp-526bp）、64bp（1662bp-1725bp）、319bp（296bp-614bp）。结果显示评分在85分以上（Score Threshold：85．0）时，该区域具有498个潜在的转录因子结合位点；评分在90分以上（Score Threshold：90．0）时，该区域具有221个潜在的转录因子结合位点；评分在95分以上（Score Threshold：95．0）时，该区域具有98个潜在的转录因子结合位点；评分在100分（Score Threshold：99．0）时，该区域具有37个潜在的转录因子结合位点。结论通过生物信息学的方法对于claudin-8基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测，对于科研具有十分重要的指导意义。

引用本文（GB/T 7714）