乳腺癌相关基因环氧化酶2（COX-2）编码蛋白的主要特性与抗原表位生物信息学分析
摘要
目的：通过生物信息学分析人乳腺癌相关基因环氧化酶2（Cycloxygenase2，COX-2）编码蛋白的主要特性与抗原表位，筛选该蛋白的T／B细胞联合表位。方法：利用蛋白分析专家系统（ExPASy）提供的Prot—Param、SignalP、SOSUI、TMHMM、MotifScan，NCBI上的ORFfinder、Bcepred、SYFPElTHI、NetCTL等生物信息学在线分析程序，结合GeneRunner、DNAMAN等生物信息学软件，分析、预测COX-2蛋白的理化性质、信号肽、可溶性、表面可及性、可塑性，跨膜区，翻译后修饰位点、亲（疏）水性、二级结构、T／B细胞抗原表位等。结果：该蛋白由604个氨基酸组成，分子式为C3126H4787N8230883S28，分子质量单位为68．924kDa，等电点理论值为7．27，波长280nm时的吸光度（A）值为1．073，半衰期为30h，有7个表面可及性参数≥1．9的区域、4个亲水性参数得分≥1．9的区域、3个柔韧性参数得分≥2的区域、26个翻译后修饰位点、23个潜在B细胞表位、3个CTL表位和辅助性T细胞联合表位、2个T／B细胞联合表位，为可溶性表达蛋白。结论：人乳腺癌相关抗原COX-2基因编码的COX-2蛋白为可溶性表达蛋白，2个T／B细胞联合表位，可作为乳腺癌免疫学治疗的重要靶点。
引用本文（GB/T 7714）
葛晓丽, 王芬, 殷国荣. 乳腺癌相关基因环氧化酶2（COX-2）编码蛋白的主要特性与抗原表位生物信息学分析[J]. 现代肿瘤医学, 2012.
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